En France, les lagunes côtières méditerranéennes ne se rencontrent que dans 3 régions :Languedoc-Roussillon, Provence Alpes Côte d’Azur, Corse.

Les complexes lagunaires (lagunes et milieux péri-lagunaires périphériques) couvrent 130 000 ha en France, dont 45 % en Languedoc-Roussillon. En Languedoc-Roussillon, ils se répartissent sur l’ensemble des 4 départements littoraux couvrant 2,7% de leur superficie.

 Les lagunes sont de vastes plans d’eau littoraux communicants avec la mer par l’intermédiaire de graus. Ces échanges conditionnent les niveaux d’eaux et les taux de salinité et expliquent la diversité biologique des lagunes.

Les lagunes, leurs lidos sableux et leurs zones humides périphériques sont des milieux exceptionnellement riches en terme de patrimoine naturel. Ainsi, 17 % des zones humides françaises d’importance internationale (convention de Ramsar) sont des lagunes méditerranéennes (Petite Camargue, étangs de la Narbonnaise, étangs Palavasiens).

 Elles abritent, entre autres :

• 74 habitats naturels, dont 70% sont des habitats reconnus à l’échelle européenne puisque classés d’intérêt communautaire (60%) ou d’intérêt communautaire prioritaires (9.5%) 
• 232 oiseaux inventoriés sur les lagunes ; soit plus de 70% de l’avifaune française, avec plus de 80% des effectifs nationaux de certaines espèces de l’Annexe I de la Directive européenne Oiseaux
• 115 espèces de plantes sont présentes sur les lagunes méditerranéennes et leurs milieux périphériques, dont 32% sont protégées au niveau national
• Plus de 40% des amphibiens se reproduisant en France
• La zone du programme LAG’Nature couvre :
  • 6 SIC soit 70 371 ha
  • 7 ZPS soit 59 109 ha